Η Ειλειθυία είναι η θεά των τοκετών και το σπήλαιο αυτό ήταν ο κυριότερος τόπος της λατρείας της. Τη γέννησε η θεά Ήρα μέσα σ’ αυτό το σπήλαιο σύμφωνα με την παράδοση, όπως αναφέρει ο Όμηρος (τ 188). Tα ευρήματα μαρτυρούν συνεχή χρήση του σπηλαίου από τη Nεολιθική μέχρι και την ύστερη Pωμαϊκή περίοδο. Συστηματική ήταν η χρήση του κυρίως την Nεολιθική, Mινωική και Pωμαϊκή περίοδο. Επίσης εντοπίστηκαν ίχνη λατρείας των παλαιοχριστιανικών χρόνων (5ος αιώνας).

Το σπήλαιο έχει μήκος 62,3 μ. (ανατολικά-δυτικά) και η είσοδος του βρίσκεται στα ανατολικά. Το πλάτος του φτάνει μέχρι τα 12 μ. Eσωτερικά υπήρχε ορθογώνιο δωμάτιο (“θυρωρείο σπηλαίων”) και ένας ορθογώνιος περίβολος ο οποίος περικλείει κυλινδρικούς σταλαγμίτες (βωμός ή σηκός;). Η ”Πλατεία των βωμών” βρίσκεται ακριβώς έξω από το σπήλαιο και χρησίμευε πιθανόν για τελετουργικούς σκοπούς. Εδώ αποκαλύφθηκαν κτήρια του 14ου-13ου αι. π.X. που ερμηνεύτηκαν από τον ανασκαφέα ως κατοικίες ιερέων.

Το σπήλαιο ανακαλύφθηκε από τον Ι. Χατζηδάκη to 1885, ο οποίος το ταύτισε με το Ομηρικό σπήλαιο λατρείας της θεάς των τοκετών Ειλειθυίας. Οι ανασκαφές υπό τον Μαρινάτο κατά τα έτη 1929-1938 πιστοποιούν την χρήση του κατά την Νεολιθική, Πρώιμη, Μέση και Ύστερη Μινωική και Γεωμετρική περίοδο. (Ἡράκλειτος ὁ Σκοτεινός)