Ἡ ἅλωσις τῶν Χανίων ὑπό τῶν τούρκων στίς 22 Αὐγούστου 1645 ὑπῆρξε βαρύ πλῆγμα γιά τούς Βενετούς πού κατεῖχαν τήν Κρήτη ἀπό τό 1204. Οἱ τοῦρκοι ἑδραιώθηκαν, ἐνισχύθηκαν μέ νέες ἐπικουρίες καί τό θέρος τοῦ ἑπομένου ἔτους ἐστράφησαν κατά τοῦ Ῥεθύμνου, μέ ἀρχηγό τόν Ντελῆ Χουσεΐν. Ἡ πολιορκία ἄρχισε τά τέλη Σεπτεμβρίου καί διήρκησε 45 ἡμέρες περίπου. Στίς 13 Νοεμβρίου 1646 τό Ῥέθυμνο παρεδώθη. Ἡ μισή Κρήτη ἦταν κιόλας στήν κατοχή τῶν τούρκων.

Τό ἑπόμενο βῆμα τοῦ κατακτητή ἦταν ὁ Χάνδακας. Τό σχέδιο τῆς τουρκικῆς ἡγεσίας ἦταν ἡ προοδευτική κατάκτησις τῆς νήσου καί ἡ ἀπομόνωσις τῆς πρωτεύουσας. Ἦταν φανερό ὅτι ἡ ὁριστική ἔκβασις τοῦ πολέμου θά ἐκρίνετο κάτω ἀπό τά ἰσχυρά τείχη τοῦ Χάνδακα. Ἡ πολιορκία ἄρχισε τόν Μάϊο τοῦ 1648 καί διήρκησε χωρίς διακοπή ἐπί 22 χρόνια. Οἱ τοῦρκοι ὀργάνωσαν μόνιμο καί ἰσχυρό στρατόπεδο νοτίως τοῦ Χάνδακα, στήν περιοχή τοῦ σημερινοῦ οἰκισμοῦ τῆς Φορτέτσας, πού τόν ὀνόμασαν μάλιστα «Νέο Χάνδακα» (Nova Candia). Ὁ ἀγῶνας αὐτός πέρασε ἀπό πολλές φάσεις καί ἡ πολιορκία τοῦ Χάνδακα εἶναι ἕνα ἀπό τά σημαντικότερα γεγονότα τῆς μεσαιωνικῆς ἱστορίας, μοναδική περίπτωσις φρουρίου πού ὑπέμεινε τόσο μακρόχρονη, συνεχῆ καί σκληρή πολιορκία! Τά 18 πρῶτα χρόνια τῆς πολιορκίας ὁ ἀγῶνας παρουσιάζει εἰκόνα στασιμότητος μέ καθημερινούς βομβαρδισμούς, ὑπονομεύσεις καί ἀνθυπονομεύσεις τοῦ φρουρίου, πού φαίνεται ἀπόρθητο. Τά τρία τελευταῖα ἔτη τῆς πολιορκίας ὁ ἀγῶνας ἀποκορυφώθηκε καί ἐξελίχθηκε σέ ἀληθινή γιγαντομαχία. Εἶναι μάλιστα ἐνδιαφέρον ὅτι ὁ πόλεμος αὐτός ἐξελίχθηκε σέ πανευρωπαϊκό, καθώς οἱ Εὐρωπαῖοι ἡγεμόνες, ἐγκαταλείποντας τίς διαφορές καί τίς ἀντιθέσεις τους, ἔσπευσαν νά βοηθήσουν τήν Βενετία στόν ἀγῶνα της ἐναντίον τῶν ἀπίστων.Ἦταν ἀγῶνας τῆς χριστιανικῆς Εὐρώπης κατά τῆς μουσουλμανικῆς Ἀνατολῆς.

Κατά τήν τελευταία φάσι τῆς πολιορκίας τήν ἡγεσία τῶν τουρκικῶν δυνάμεων ἀνελαβε ὁ βεζύρης Ἀχμέτ Φαζίλ Κιοπρουλῆ, ἐνῶ τήν ἀνωτάτη στρατιωτική ἡγεσία τῶν πολιορκουμένων εἶχε ὁ Βενετός ἀρχιστράτηγος Φραγκῖσκος Μοροζίνης. Στά τέλη Αὐγούστου 1669 ὁ ἀγῶνας εἶχε κριθεῖ. Τό φρούριο παρεδώθη  μέ συνθήκη , πού ὑπέγραψε ὁ Μοροζίνης καί ὁ βεζύρης Κιοπρουλῆ. Ὁ Βενετός ἀρχιστράτηγος εἶχε προθεσμία 12 ἡμέρῶν γιά νά ἐκκκενώση τό φρούριο. Χιλιάδες Κρητικοί πῆραν τόν δρόμο τῆς προσφυγιᾶς στά Ἑπτάνησα καί σέ ἄλλα βενετοκρατούμενα μέρη. Στίς 27 Σεπτεμβρίου ἡ πόλις εἶχε ἐκκενωθεῖ καί στά τείχη της ὑψώθηκε ἡ ἡμισέληνος. Ὁ νικητής εἰσῆλθε πανηγυρικά στήν ἔρημη πόλη στίς 4 Ὀκτωβρίου τοῦ 1669.   

Ὁ πληθυσμός τῆς Κρήτης ἦταν ἀναμφισβήτητα ὁ μεγάλος χαμένος ὅταν ὁ πόλεμος τελείωσε μέ τήν ἅλωσι τοῦ Χάνδακα. Πρίν άπό τόν πόλεμο πλησίαζε τούς 290.000 ἀνθρώπους, ἐνώ μετά τό τέλος τοῦ πολέμου εἶχαν ἀπομείνει λιγότεροι ἀπό τούς μισούς. Ὅσον ἀφορᾶ τήν προσφορά τῶν Κρητικῶν στόν πόλεμο, αὐτή δέν εἶχε τήν ἀναγνώρισι πού τῆς ἄξιζε.

Μέ τήν ἁλωσι τοῦ Χἀνδακα λήγει καί τυπικά ἡ περίοδος τῆς Βενετοκρατίας στήν Κρήτη καί ἀρχίζει ἡ θλιβερή περίοδος τῆς τουρκοκρατίας.   

Ὡρισμένα στοιχεῖα τοῦ κειμένου ἔχουν ληφθεῖ ἀπό τόν πάπυρο